全面清理景區(qū)內(nèi)的攤點，凈化景區(qū)的環(huán)境 景區(qū)內(nèi)原有各類攤點（主要是周邊村民銷售旅游工藝品、紀念品、日常用品等）共162個，這些攤點在景區(qū)內(nèi)對環(huán)境衛(wèi)生和景觀都造成一定的影響，2006年開始景區(qū)采取貨幣安置的形式，每年投資162萬元，將景區(qū)內(nèi)的攤點全面取消，減少了對景區(qū)的破壞和對環(huán)境的污染。
強化景區(qū)森林、水資源和歷史遺跡的保護 武夷山景區(qū)成立資源保護專職管理隊伍，并在景區(qū)各村及上游保護地帶聘請護林員、協(xié)管員。加強景區(qū)日常巡護和夜間巡護制度落實，各管理中隊根據(jù)保護范圍實行分段、分片包干責任管理。目前,景區(qū)森林覆蓋率達90%以上。對區(qū)內(nèi)的森林植被抓好森林病蟲害防治,定期開展蟲情調(diào)研，確保景區(qū)有蟲不成災，重大病蟲害發(fā)生率為“0”。武夷山景區(qū)還加強與全國高校、科研院所合作，多次組織專業(yè)人員與對景區(qū)核心保護范圍內(nèi)的文化古遺址、古墓葬、古建筑、摩崖石刻等進行全面調(diào)查、登記、造冊，有力推動景區(qū)文物古跡的保護。
為加強九曲溪上游水資源保護，2000年,武夷山市委、市政府將九曲溪上游的兩個采育場成建制劃入景區(qū)統(tǒng)一管理，昔日伐木場成為國家森林公園，伐木工人變?yōu)榫皡^(qū)護林員。2005年，景區(qū)在星村鎮(zhèn)建成一座日處理污水量為2500噸的污水處理廠，從源頭上解決了九曲溪流域居民生產(chǎn)生活污水對九曲溪的污染，確保了景區(qū)地表水質(zhì)達到《地表水環(huán)境質(zhì)量標準》一類。
加強環(huán)境質(zhì)量監(jiān)控，建立景區(qū)世遺監(jiān)測中心 配備專業(yè)技術人員，專門負責對景區(qū)生態(tài)環(huán)境資源監(jiān)測。先后投資200余萬元，配備了大氣監(jiān)測儀、噪聲儀等設備，設立了水文監(jiān)測站、自動氣象監(jiān)測站、自動水位站，加強了對景區(qū)環(huán)境質(zhì)量、動植物資源、氣象、旅游、文化遺產(chǎn)等方面的監(jiān)測，2002年，武夷山景區(qū)通過ISO14001國際標準化環(huán)境保護管理體系國家認證委認證。
